Flore intestinale
Un écosystème microbien dans lequel les bactéries ne vivent plus dans une association mutualiste est appelé dysbiotique.
Généralement, dans un écosystème dysbiotique, les microbes potentiellement pathogènes prennent le relais au détriment des microbes potentiellement bénéfiques.
La dysbiose est caractérisée par une prolifération bactérienne dans l'intestin grêle due à une production réduite d'acide gastrique avec un excès d'activité fermentative bactérienne. Les personnes qui en sont sujets sont fréquemment atteints d'intolérance au gluten ou aux glucides, et leur état de santé se dégrade suite à la consommation de glucides.
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La dysbiose par carence est une affection caractérisée par une réduction globale des espèces bactériennes bénéfiques (telles que les lactobacilles et/ou les bifidobactéries), qui peut survenir à la suite de régimes alimentaires non sains ou de traitements antibiotiques, et peut être associée à des intolérances alimentaires, consécutive à une déficience en enzymes digestives (intolérance au lait ou à la viande).
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Dysbiose putréfactive, caractérisée par une augmentation des bactéries putréfactives (principalement Bactéroïdes), résulte généralement d'une alimentation riche en matières grasses et en viande et pauvre en fibres, dont la métabolisation peut conduire à des produits tels que l'ammoniac, les amines et les phénols, qui pourraient être à l'origine de symptômes non limités au tractus gastro-intestinal mais cela peut aussi affecter tout le corps.
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La dysbiose fermentative affecte souvent les patients atteints du syndrome du côlon irritable, les patients qui reçoivent un traitement antibiotique et ceux qui réduisent leur consommation de glucides (régime à base d'oligosaccharides, de disaccharides, de monosaccharides et de polyols (FODMAP) peu fermentescibles). La dysbiose de susceptibilité est associée à une perte de tolérance du microbiote intestinal dans laquelle les causes génétiques (conduisant à des réponses immunitaires anormales envers les composants du microbiote intestinal) jouent un rôle important et sont liées aux MICI et à d'autres maladies similaires.
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Dans la dysbiose de susceptibilité, les altérations de l'écosystème du microbiote intestinal se caractérisent par une quantité réduite de bactéries probiotiques, une augmentation des microbes potentiellement pathogènes (pathobiontes), une motilité altérée de l'intestin et une inflammation intestinale.
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Dysbiose fongique, caractérisée par la prolifération de Candida ou d'autres espèces fongiques du microbiote intestinal, est favorisée par une alimentation riche en sucre et pauvre en fibres.